從中世紀以來,就開始流傳為了慶祝在武家出生的男孩而在端午節時於屋外掛上印有家紋的旗幟這樣的風俗習慣。在江戶時代這個活動更受到重視,並在5月5日端午節時使用菖蒲驅邪,所以端午節亦有「菖蒲節」的別稱,武家將菖蒲與「尚武」結合舉行年中活動並祈禱男孩的出人頭地與武運長久。這天在武式的家庭中,會將祖先傳承的鎧與兜放在家中內側坐墊上,並在玄關裝飾上旗幟。
另一方面,雖擁有強大經濟能力但社會地位仍低的商人家庭之中,從江戶時代開始,為了對抗武士而以鯉魚旗取代一般旗幟懸掛。以鯉魚旗取代一般旗幟的原因,是因鯉魚的諺語「鯉魚躍龍門」這樣能感受威勢又被認為是吉祥的魚並有助於飛黃騰達,再加上將五月晴朗的天空比擬為天空,鯉魚就像在微風中優遊自在游動般,這樣不拘泥禮法自由奔放的做法在當時庶名蔚為風潮,而這樣的情調至今能讓人深刻感受。
根據中國的後漢書中的典故,在黃河的龍門這個地方,雖有許多魚嘗試越過瀑布,但僅有鯉魚成功跳躍並化身為龍,而開始有了鯉魚躍龍門象徵出人頭地的說法。在那裡,人們看著鯉魚充滿氣勢的姿態,祈求著孩子們的健康成長茁壯,而太陽照射到瀑布濺出的水花所產生五彩繽紛的閃耀色彩,則被認為是人們將旗幟漂動尾端設計成五種顏色的原因。
透過日本的基督教教會,在羅馬教宗來日時當成貢獻品,而JCRAFTS所販售的原田光三商店的鋰魚旗在當時即被用來奉獻。